Ο επισκέπτης μπορεί να φτάσει στο Αρχαιολογικό Μουσείο Αβδήρων με δύο τρόπους:
- Από την Ξάνθη, από την οποία απέχει περίπου 20 χιλιόμετρα προς τα νοτιοανατολικά.
- Από την Κομοτηνή, από την οποία απέχει περίπου 50 χιλιόμετρα προς τα νοτιοδυτικά.
Τα αεροδρόμια της Καβάλας Μέγας Αλέξανδρος και της Αλεξανδρούπολης Δημόκριτος, η Εγνατία οδός και το παλιό οδικό δίκτυο προσφέρουν εύκολη πρόσβαση στις δύο αυτές πόλεις. Τέλος, τα λεωφορεία του ΚΤΕΛ Ξάνθης έχουν τακτικά δρομολόγια προς τα Άβδηρα, ειδικά κατά τη θερινή περίοδο, οπότε φθάνουν μέχρι τον αρχαιολογικό χώρο. Για τους οδηγούς των ιδιωτικών αυτοκινήτων υπάρχει πυκνή οδική σήμανση.
Ο Αρχαιολογικός Χώρος Αβδήρων βρίσκεται σε απόσταση 6 χιλιομέτρων νότια του σύγχρονου οικισμού, ενώ το Αρχαιολογικό Μουσείο μέσα σ΄ αυτόν, κοντά στο ανατολικό άκρο του.
