Μόνιμη Έκθεση
Η έκθεση αναπτύσσεται στο ισόγειο και τον όροφο του κτιρίου. Στο πρώτο τμήμα υπάρχει πλούσιο εποπτικό υλικό που έχει ως σκοπό την ενημέρωση του επισκέπτη σχετικά με την ιστορία της πόλης.
Η παρουσίαση των αντικειμένων πραγματοποιείται σε τρεις θεματικές ενότητες: Δημόσιος Βίος, Ιδιωτικός Βίος και Ταφικά Έθιμα. Η έκθεση καλύπτει τη χρονική περίοδο από τον 7ο αι. π.Χ. μέχρι το 13o αι. μ.Χ. Περισσότερα σε αριθμό είναι τα ευρήματα από τις περιόδους ακμής της πόλης.
Η περιήγηση στην έκθεση ξεκινά με ένα σύνολο ενοτήτων που λειτουργούν ως εισαγωγή στο περιεχόμενο της μόνιμης συλλογής και προετοιμάζουν τον επισκέπτη για τα εκθέματα που ακολουθούν.

Πριν την είσοδο στην κυρίως έκθεση
Η εμπειρία ξεκινά με στοιχεία σχετικά με τη μυθολογική προέλευση της αρχαίας πόλης των Αβδήρων, προσφέροντας το απαραίτητο ιστορικό και αφηγηματικό πλαίσιο για την κατανόηση της εξέλιξής της μέσα στον χρόνο.
Εισαγωγική ενότητα
Στην εισαγωγική ενότητα παρουσιάζονται, αφενός, αποσπάσματα αρχαίων συγγραφέων με αναφορές στα Άβδηρα, καθώς και βιογραφικά στοιχεία σημαντικών Αβδηριτών. Αφετέρου, ο επισκέπτης έρχεται σε επαφή με πλούσιο εποπτικό υλικό που περιλαμβάνει κείμενα για την ιστορία και την αρχαιολογική έρευνα της περιοχής, χρονολόγιο σημαντικών περιόδων, καθώς και τοπογραφικά διαγράμματα και χάρτες της ευρύτερης περιοχής.
Δημόσιος Βίος
Η πρώτη ενότητα της μόνιμης έκθεσης παρουσιάζει πτυχές του δημόσιου βίου των αρχαίων Αβδηριτών. Τα εκθέματα οργανώνονται σε επιμέρους θεματικές ενότητες που αναδεικνύουν την κρατική οργάνωση, τη θρησκευτική ζωή, τη νομισματοκοπία, τη διοικητική λειτουργία και την πολεμική δραστηριότητα της πόλης, προσφέροντας μια ολοκληρωμένη εικόνα της δημόσιας ζωής στην αρχαιότητα.
Ιδιωτικός Βίος
Η δεύτερη ενότητα της έκθεσης είναι αφιερωμένη στον ιδιωτικό βίο και εκτείνεται τόσο στο ισόγειο όσο και στον όροφο του κτιρίου. Στο ισόγειο παρουσιάζονται αντικείμενα που σχετίζονται με τις επαγγελματικές, εμπορικές και οικοδομικές δραστηριότητες των κατοίκων, ενώ στον όροφο η ενότητα συνεχίζεται με εκθέματα που αφορούν την καθημερινή οικιακή ζωή, τον καλλωπισμό και την παιδική ηλικία στα αρχαία Άβδηρα.
Ταφικά Έθιμα
Η περιήγηση ολοκληρώνεται με την τρίτη θεματική ενότητα, η οποία είναι αφιερωμένη στα ταφικά έθιμα. Η αίθουσα αυτή, γνωστή ως «Αίθουσα Δημήτρη Λαζαρίδη», τιμά τον πρώτο ανασκαφέα της περιοχής. Περιμετρικά της αίθουσας εκτίθενται ταφικά σύνολα, σαρκοφάγοι και επιτύμβια σήματα, ενώ στο κεντρικό τμήμα παρουσιάζονται αναπαραστάσεις τάφων και πήλινες σαρκοφάγοι, προσφέροντας μια ολοκληρωμένη εικόνα των νεκρικών πρακτικών των αρχαίων Αβδηριτών.

